这年秋季，王应熊指挥明军开始大反攻，杨展、马应试据叙州溯岷江而上，收复嘉定（今乐山）、眉州（眉山）、邛州（邛崃），贾连登、杨维栋溯沱江而上，收复资州（资阳）、简州（简阳），各距成都只有一百多里，对成都造成了极大的威胁。张献忠这时候想北走汉中、关中，但还没到汉中，就被贺珍谎称清军主力给吓回来了。无路可退，张献忠只好绝地反击，又夺取了简、资、邛、眉四州，保证了成都安危，明西双方仍然保持僵局。
      
      　　这时候，清军攻破南京，弘光朝廷播迁杭州，皇帝将诏勤王书发到了四川，而且确立了一致抗虏的政策。王应熊知道勤王是不可能的，远水救不了近火，但一致抗虏的这个政策倒是可以遵行。所以在对待张献忠的态度上，四川明军这一方面不得不有所转变。所以在这年（1645）年底，王应熊派出使者前往成都，向张献忠伸出了橄榄枝。
      　　日期：2013-05-1022:46:17
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      　　然而这时候张献忠并没有向明廷妥协的意思，于是到了1646年春，张献忠再次南攻，派孙可望、刘文秀攻打叙州，曾英与王祥率领明军从重庆北上，乘虚逼近成都，又来了个围魏救赵（看来孙膑对后代的影响力还是蛮大的）。这么一来，张献忠不得不让孙可望、刘文秀撤兵救援成都了。
      
      　　叙州解围后，曾英也撤离了成都，没有与大西军胶着。算是明军再一次给张献忠拋出的橄榄枝，张献忠这一次终于明白，凭借目前的实力，尚不足矣完全占领四川，而且北面受到汉中的威胁，南面受到川东的威胁，两面受敌。如果明廷没有派遣使者前来和谈话，张献忠也要考虑到转移地盘重新开辟根据地了。
      　　明廷的使者一来，张献忠正好抓住了机会，打算与明军停息干戈，缓解眼下的危机。但是张献忠提出了要求，明军必须退出对成都造成极大威胁的嘉定府（乐山）。但是王应熊不傻，退出嘉定之后还有什么资格去跟张献忠谈判呢。双方问题的焦点就在这里，明军不愿意撤离嘉定，大西军又最怕嘉定的威胁，所以双方的罢兵结盟事宜，久久谈不合拢，但是就在这谈的过程之中，明西双方有了短暂的罢兵停歇的机会。双方虽然名义上没有罢兵，但是实质上已经停战了。
      
      　　这种停战的局面，一直持续到这一年的十一月。
      　　七月，清军进入汉中后，张献忠感到了前所未有的巨大危机感，于是调兵遣将，集结所有兵力，但不是前往剑门关据险阻敌，而是往顺庆府（今南充）方向进发。有可能的是，张献忠他想逃跑，哦不，不叫逃跑，他想长征。张献忠的打算是，经顺庆进入夔州府，然后沿长江东下，进入湖广谋求生机。
      　　可惜张献忠的逃亡计划被清军得知了。十一月初，清军越过大巴山，进入四川境内，在百丈关（今旺苍）接受了大西军将领刘进忠的投降。刘进忠把张献忠的军事部署全部透露给了清军，而且告知，张献忠目前就在顺庆府，而且再晚一步的话，大西军就要逃掉了。这是一个极为重要的情报，清军又玩起了长途奔袭的把戏，豪格派裨将鳌拜为先锋。十一月二十六，鳌拜急行军过阆中、南部，侦查得知张献忠还在西充县境内，于是快马加鞭，悄无声息地迅速向大西军军营逼近，当夜即抵达西充，埋伏在大西军军营周边的树林中。
      
      　　第二天的清晨，张献忠率亲兵在军营周边巡视。在刘进忠的指引下，清军认出了张献忠的队伍，于是搭箭拉弓，清军的箭矢齐刷刷地射出去，张献忠瞬间被射成了刺猬。主帅被射杀，大西军开始慌乱无序，清军先锋部队全军出击，连破大西军一百三十多所营垒，斩杀一万余人，大西军溃不成军，幸而在孙可望等四将军的组织下，还算逃跑的比较迅速，还不忘了带上张献忠的遗体。
      　　张献忠以一个退伍军人的身份揭竿而起，搅扰中原十八年，成于乱世，败于乱世，就这样落下了人生的帷幕。
      　　日期：2013-05-1109:47:36
      
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      　　张献忠挂了，部下数万大西军还得找活路。原本计划往夔州府逃是无法再实施了，只能沿着嘉陵江，往重庆一路狂奔。
      　　到了重庆，四将军才想起来，还有明军镇守在这里呢。四将军必须对大西军全军的前途负责，前途怎么选择，四将军蹲一块琢磨去了。
      　　看到大西军这么浩浩荡荡地狼狈而来，重庆总兵曾英一看就明白了，大西军此行显然是战败而来，然而明军此前没有与大西军交战，那么出手的就只能是清军了。于是曾英亲自带领随从，进入大西军中，亲自拜会四将军，商讨联盟抵御清军的事宜。
      　　四将军与张献忠明显不同，一来主帅战死，军心不稳，士气低落，能得到明军的援助抵抗清军，当然是好事。二来，四将军目前的地位，并没有张献忠那样有野心，所以能在明廷那里找一处容身之地，四将军也是没有抵触心理的。所以最终，在重庆城外，大西军余部和明军正式结盟合兵。
      　　在西充击败大西军主力之后，清军兵分好几路，分进四川各府县，历经四个多月，到1647年的三月份，清军占领了川北川西的夔州（奉节）、保宁（阆中）、顺庆（南充）、潼川（三台）、成都、邛州、雅州等地，除在夔州、茂州、荣昌、隆昌、富顺、内江、宝阳等地遇到较有规模的抵抗外，其余府县，基本上是传檄而定。
      　　夺取了川西川北的清军，开始进军川东，主力数万人浩浩荡荡往重庆逼来。
      
      　　作者注：1）本章情节基本符合历史史实。
      　　2）贺珍在汉中被击败后，与武大定退往郧阳府山区，但孙守法却在兴安州最终战死。
      　　3）大西军被清军击败后，并没有和明军结盟，而是攻占重庆，进入贵州，最后进入云南。
      　　4）曾英镇守重庆，在1646年年底，大西军败逃想进入贵州，中途攻打重庆时，曾英与李定国交战阵亡。
      　　日期：2013-05-1120:03:44
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      　　【铁血攻坚】
      　　清廷这第三次攻明之战，虽在东线、中线没有进展，在西线却是势如破竹，不仅平定了陕西的抗清起义，还夺取了杨铭化布置的西线反攻基地汉中，并且一举南下，摧毁大西政权，逼近重庆。
      　　如果重庆失守，巴蜀尽入清廷囊中，那么南明的抗清防线就可能从侧翼崩溃，清廷就占尽了优势，可以像西晋灭吴那样灭掉南明了。
      　　要打破清廷的美好计划，就绝不能让重庆失守。然而不让重庆失守的方法无非两种，一种让清军攻不下，比如派兵增援，一种是让清军不敢攻。
      　　第一种方法显然难以行得通，现在荊襄、两淮前线的防务尚且拮据，哪里能抽调兵力增援重庆呢？所以只能采取第二种方法，让清军不敢攻。
      　　让清军不敢攻，说得更直白的一点，就是打乱清廷的战略部署。采取的方式可以有很多种，比如，在东线或者中线主动发起反击，迫使清廷不得不加强襄阳和淮北的兵力部署，而加强这两地的兵力，就必须暂时减轻对四川的进攻力度。